Если эти коричневые пятна сухие - это следы от солей, так называемый "налет ржавчины на корнях". При поливе жесткой водой на корнях осаждаются соли, солевая корочка нарушает способность покрытого ею участка веламена (верхней оболочки корня) впитывать влагу. В случае, если таких пятен немного, то это не отразится на состоянии растения.
Поливайте фаленопсис отстоянной либо отфильтрованной водой, еще лучше - талой водой (если есть возможность и желание воду замораживать и размораживать; но цветам такая очень нравится).
Я поливаю просто отфильтрованной.
Еще хорошо прикрывать верхний слой субстрата мхом-сфагнумом, он будет забирать на себя эти соли, на корни негативного влияния уже не будет. Однако надо помнить, что свои свойства мох может сохранять 6-8 месяцев, так что необходима своевременная его замена.